本標準于2017年立項（項目編號為spaq-2017-055），項目承擔單位為：中國肉類協會與中國食品土畜進出口商會。2018年1正式啟動，起草組對國際、國內相關標準情況進行了查詢和對比分析研究；向食品檢驗中心、大專院校、科研院所、行業協會、生產加工企業征詢本標準制定的意見和建議。2018年1月25日召開標準起草工作會議。2018年1月25日至6月4日開展標準起草工作，2018年6月4日至8月27日對行業企業開展調研，2018年8月28日召開起草組工作會議，形成《食品安全國家標準畜禽副產品加工衛生規范》（征求意見稿），2019年7月-9月，第一次向社會公開征求意見。2020年5月13日-6月30日，起草組根據預審意見及專家討論會內容對標準文本、編制說明等材料進行完善，形成送審稿。

2020年9月-2021年7月，起草組根據生產經營規范專業委員會第五次會議審查意見修改完善送審稿文本及相關配套材料，并于2021年7月生產經營規范專業委員會第七次會議審查通過。因調整后的標準文本結構和部分內容與第一次公開征求意見的版本有較大的不同，因此委員會建議重新向社會公開征求意見。